پیچش پروتئین

سوال اینه که می‌خواهیم شکل فضایی یک پروتئین رو در بدن پیدا کنیم. می‌توانیم از اصول اولیه استفاده کنیم. به این معنی که معادله شرودینگر، معادلهء نیوتن و ... را می‌دانیم. برنامهء کامپیوتری بنویسیم که پروتئین را شبیه‌سازی کند و ساختار سه بعدیش را از روی ترکیب شیمیاییش بدست آورد. مشکل کار این است که توان محاسباتی بالایی لازم داریم. که چندان در دسترس نیست.
روش دیگر روشهای مقایسه‌ای و کندوکاو داده‌های موجود است. در این حالت، ما تعدادی از ساختارهای فضایی و ترکیبهای شیمیایی مربوطشان را می‌دانیم. با استفاده از روابطی که بین اینها پیدا می‌کنیم، سعی می‌کنیم ساختار ترکیبهای جدید را از روی شباهتشان با ترکیبهایی که می‌شناسیم پیدا کنیم. مشکل این رهیافت این است که تعداد ساختارهای شناخته شده در مقایسه با کل ساختارهای ممکن کم است.
این روزها در بین این دو روش، روشهای مقایسه‌ای از مقبولیت نسبتاً بالایی بر خوردار هستند و به نوعی به نظر می‌رسد که مردم از اصول اولیه به نوعی ناامید هستند.

بي مهري به پديده شناسي

در سمينار هايي كه در ايران داده مي شود سخنران ها هر گاه ريشه يك فرمول را نمي دانند بادي به غبغب مي اندازند و اظهار مي كنند كه" من در اين زمينه رهيافت پديده شناسانه اختيار كرده ام". درست است كه از يك فيزيك پيشه حتي در سطح عالي نمي توان انتظار داشت تا همه چيز را بداند اما اين برخورد هم درست نيست. اين بي مهري است به پديده شناسي. پديده شناسي به معناي جهل نيست. پديده شناسان خود لغت هاي ديگري بسته به موقعيت در اين موارد به كار مي برند. مثلا اگر من بخواهم بگويم من نمي دانم اين فرمول از كجا مي آيد خواهم گفت من در اينجا رهيافت يك

agnostic
در پيش مي گيرم. اين لغت در فلسفه و الهيات معناي به خصوصي دارد ولي منظورمن اين است كه من نمي دانم اما از من زرنگ ترها شايد بدانند.
استاد راهنماي سابق من در اين موارد
از لغت
heuristic

استفاده مي كند. اين لغت هم در فلسفه و هم در روانشناسي معناي ويژه اي دارد. اما استاد من هيچ يك از اين معاني را در نظر ندارد. منظور استاد من اين است كه " من نمي دانم اين فرمول از كجا آمده است اما شما باالهام از اين روشنگري من برويد و به عنوان تمرين ريشه اين فرمول را بيابيد. " ملاحظه مي كنيد اين سلسله مراتب همه جا هست اما در غرب ظريف تر بيان مي شود. بعضي از پست داك ها استاد مرا حتي به نامش الكسي هم نمي خوانند بلكه او را آليوشا خطاب مي كنند كه مصغر الكسي با وجه تحبيب است. اما اين سلسله مراتب به طور ظريفي بينشان و جود دارد. كسي هم كه به اين ظرايف -مثل خود من -زياد وارد نيست بهتر است احتياط را در رفتار و گفتار رعايت كند

پیچش پروتئین

یکی از مسايل بازی که وجود داره مثلهء پیجش پروتئینهاست. صورت مسئله اینه که ما می‌دونیم یک پروتئین چه ترکیب شیمیایی داره. به عبارتی از چه اسیدهای آمینه‌ای تشکیل شده. حالا سوال اینه که شکل فضایی این پروتئین در بدن به چه صورت است. علت اینکه شکل فضایی برایمان مهم است این است که این شکل به نوعی تعیین کنندهء عملکرد پروتئین در بدن است.

برای حل به این مسئله دو نوع رهیافت وجود دارد: شبیه سازی با استفاده از اصول اولیه و یا تحلیل داده‌های موجود. حالا اینکه فرق این روشها چیه یا اینکه کدوم بهتره یا بدتر، بماند برای بعد.

باز هم درباره مقوله معتبر شناختن سهم افراد

به نظرمن آنچه كه جامعه علمي ما اكنون از نظر فرهنگي شديدا به آن احتياج دارد جا انداختن مفهوم اعتبار دادن به سهم تك تك افراد در يك كار گروهي است. اين كه ارزش كار هر يك از افراد چگونه بايد سنجيده شود و چگونه بايد پاداش اين كار (از نظر مادي و معنوي) پرداخت شود خود مقوله پيچيده اي است كه در عمل بايد مورد توجه واقع شود. اما ما فعلا در اصل اين كه ميزان بهره مندي افراد از امكانات بايد متناسب با اعتبار كسب شده توسط آنها باشد مشكل داريم. در اين مورد هم مثل خيلي از موارد ديگر نسل ها روياروي هم قرار مي گيرند. پيشكسوت ها بر اين باورند كه اعتبار يعني كشك وبه علاوه معتقدند كه هر عيب كه سلطان بپسندد هنر است.
اصلا از نظر آنها معني ندارد كسي خود را به واسطه كاري كه انجام داده محق بداند كه از امكانات استفاده كند. از نظر آنها هرگونه امكاناتي كه در اختيار جوانتر ها قرار مي گيرد تنها لطفي است از جانب آنها. باور كنيد كنايه نمي زنم. اگر چه من اين طرز فكر را صد در صد قبول ندارم اما اميدوارم تا پنج -شش سال ديگر دولت اين پيشكسوتان مستدام باشد چون از نسل مياني بيشتر وحشت دارم. اگر آنها قدرت بگيرند فاتحه پيشرفت جامعه علمي را بايد خواند. اين نسل مياني هم با اعتبار دادن و گرفتن ميانه اي ندارند. آنها معتقدند كه همه دور هم يه لقمه مي خوريم ديگه. ببينيد موتور كار علمي را افراد با ايده هاو آرمان هاي بزرگ كه حاضرند براي آرمان هايشان از خود گذشتگي بكنند روشن نگه مي دارند. اگر همه قرار باشد به يك اندازه سهم بگيرند و به يك اندازه اختيار داشته باشند انگيزه تلاش از اين گونه افراد گرفته مي شود.

نسل اول و نسل مياني هردو طلب اعتبار
credit
كردن را مذموم مي دارند. از نظر آنها اين كار زياده خواهي خود نمايي خودپرستي حرص و چوش زدن و حتي ننر بازي است

من معتقدم كه آنچه كه ما نياز داريم جا انداختن مفهوم اعتبار دادن است چرا كه نياز زمانه ماست. نسل هاي قبلي نيازي هاي ديگري داشتند ودر نتيجه سيستم اخلاقي شان هم چيز ديگري بود.اشتباه بزرگي خواهد بود كه ما اينجا مثل دبستان ستون خوبها بدها پر كنيم. ببينيد نسل ما به علت شرايط تا ريخي (اما نه لزوما به علت تقليد از خارجي ها) به شدت فرد گرا

individualist
شده. مفهوم اعتبار دادن هم از ارزش هاي جهان بيني فردگرايانه است. نسل هاي قبلي جمع گرا تر از ما بودند. براي همين هم مفهوم اعتبار دادن از نظر آنها مفهومي زايد و حتي مزاحم بود

احوالات گويي مادربزرگم

مادربزرگم وساير خانمهاي فاميل پس از هر عروسي جلسه اي ترتيب مي دهند تحت عنوان جلسه "بازگويي احوالات". در اين جلسه با لذت و آب و تاب زياد لباس عروس چيدمان سفره عقد وساير جزئيات را براي هم تشريح مي كنند. به مرور زبان تكنيكي شان بسيار پيشرفت كرده به گونه اي كه با مينيمم جملات مي توانند تمام تزئينات را باز آفريني كنند و الگوي لباس عروس راهم در آورند. در نحوه پخت و چيدن تك تك آن بيست جور شيريني سنتي خانگي ده ها نكته مي يابند و در اين كه كدام دختر خانم باقلوا را جلوي مهمان ها گرفته چندين پيام(بازرگاني)! از نسبت مساحت جانبي به حجم شيريني هاي گردويي سفيد حدس مي زنند كه آيا اين شيريني پيشكش خانواده داماد بوده يا عروس و غيره. اين قسمتي از فرهنگ زنانه ما تبريزي ها است. من هم در آستانه دهه سوم زندگاني از شنيدن اين احوالات لذت مي برم. فكرش را كه مي كنم خيلي از كارهاي خودم ريشه در همين فرهنگ دارد. مثلا هر گاه از يك همايش بين المللي بر مي گردم تا چند هفته در سمينارهاي هفتگي آنچه را كه شنيده ام باز گو مي كنم. اگر از سميناري خوشم بيايد از با گرفتن اجازه از سخنران و البته با ذكر نام وي و دادن
credit
به او اسلايد هايش را دان-لود مي كنم و به قول خارجي ها ريسايكلشان مي كنم
.

توضيح: شيريني گردويي سفيد از سفيده تخم مرغ تهيه مي شود. اگر به اندازه كافي سفيده زده شود شيريني گرد تر مي بندد.


سوال خطاب به پادوردا: نمي خواهي مدل تپه هاي شني ات را به شيريني گردويي تعميم دهي؟ شايد به اين تر تيب فرهنگ ما هم جهاني شد.

نام و نشان در ژاپن

پيشتر قاسم در يكي از نوشته هايش اشاره كرده بود كه در مغرب زمين استفاده از عناوين دكتر و پروفسور مرسوم نيست و دانشجو ها استادان راهنماي خود را هم با نام كوچك صدا مي زنند. در اينجا مي خواهم به فرهنگ ژاپني ها در اين زمينه اشاره كنم وقبل از آن يادآوري مي كنم كه ژاپن در فيزيك انرژي بالا از كشورهاي پيشرفته به حساب مي آيد. نه تنها از اروپا چيزي كم ندارد بلكه در فيزيك نوترينوو فيزيك "كوارك بي" كشور پيشرو يي است. اما نظام دانشگاهي ژاپن به شدت سلسله مراتبي است. القاب و عناوين با دقت زياد مورد استفاده قرار مي گيرند. اگر دانشجو يي سوالي از استاد راهنمايش داشته باشد دور از ادب مي داند كه مستقيم آن را مطرح كند. اول به سراغ پست داك ها مي رود اگر آنها سوال او را نتوانند پاسخ گويند پست داك ها واسطه قرار مي گيرند تا سوال را" با ترس ولرز"از استاد راهنما بپرسند البته به شرطي كه سوال دچار
"lost in translation "
نشود
من خود در ژاپن نبوده ام. ازآنان كه در ژاپن بوده اند اين گونه شنيده ام. شايد هم اين تصوير اغراق شده اي است كه متاثر از كليشه هاي هاليوود كشيده شده . اما خوب تا نباشد چيزكي مردم نگويند چيزها!
به نظر من در اين موارد "درست" همان چيزي است كه با فرهنگ محلي مي خواند وعجين مي شود. تقليد تقي زاده وار از مغرب زمين در اين گونه موارد جز پشيماني راه به جايي نمي برد.


به نظر من مشكل ما در ايران استفاده از القاب و يا وجود سلسله مراتب نيست. مشكلي نا سازگاري رفتاري افراد است: نا سازگاري هم در درون رفتار خودشان (گاه از در دروازه رد نمي شند گاه از سوراخ سوزن رد مي شند) و هم ناسازگاري با عرف جامعه.نمونه واضح اين نا سازگاري هم در شوخي ها مشهود است. بعضا يك ريش سفيد يا رئيس با دانشجو و يا پست داك شوخي اي مي كند كه در عرف جامعه ما تنها صميمي ترين دوستان به خود اجازه مي دهند چنين شوخي هايي با هم بكنند. دانشجو هم پيغام صميميت از اين شوخي مي گيرد و آن را در رفتارش نشان مي دهد. اين هم به آن زبر دست گران مي آيد وشب را با اين فكر كه چگونه صبح اين پررو را ادب كنم صبح مي كند وتا اعصاب طفلك راخط خطي نكند وتا او رااز درس خواندن نيندازد دست بر نمي دارد. واقعا اين گونه شوخي ها اين قدر مي ارزند؟

مكانيك كوانتمي

وقتي براي اولين بار در درس فيزيك مدرن با مفاهيم مكانيك كوانتمي آشنا شدم اين مفاهيم
به نظرم ملال آور آمدند. برايم قابل قبول نبود كه عدم دقت در تكانه را برابر خود آن قراردهيم! بر عكس الان هر وقت به مقاله اي بر مي خورم كه از اين نوع محاسبات واستدلال هاي سر انگشتي به در ستي بهره مي گيرد تا مطلب عميقي را به اثبات رساند غرق در لذت مي شوم. مقاله شكيل و رساي اخير "اوگني احمدف" (يكي از فيزيكدانان بنام نوترينو) از اين نوع است. خواندن آن را به همه علاقمندان فيزيك تو صيه مي كنم. مقاله اطلاعات تخصصي چنداني نمي خواهد كافيست با ذرات بنيادي مقدماتي آشنا با شيد تابتوانيد تمام مباحث اين مقاله را دنبال كنيد.